Le Conservatoire est administré par un Conseil composé au maximum de 30 représentants physiques élus par l'assemblée générale et répartis comme suit :
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collège des personnes physiques individuelles : au maximum 15 représentants ;
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collège des associations : au maximum 6 représentants élus parmi les associations membres, à raison de 3 associations d’ampleur régionale ou nationale et 3 locales ou départementales ;
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collège des collectivités : au maximum 6 représentants élus parmi les collectivités membres, à raison d’1 poste pour le Conseil Régional d’Île-de-France, 3 postes pour les départements et EPCI et 2 postes pour les communes ;
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collège des entreprises et usagers : au maximum 3 représentants élus parmi les autres membres regroupant les personnes morales de droit privé.
Le Conseil d'administration actuel est composé de :
- collège des personnes physiques :
Christian SOEBERT, président
Olivier TOSTAIN, vice-président
Christophe PARISOT, vice-président en charge de la gestion du patrimoine
Marion PARISOT-LAPRUN, secrétaire
Jean-Marc LUSTRAT, trésorier
Emmanuel BERROD, Philippe GOURDAIN, Franck LE BLOCH, Catherine LONGUET, David PECQUET, Quentin ROUY, Jean-Philippe SIBLET, Jean-Pierre VIDONNE
- collège des associations :
ANVL (représentée par Louis ALBESA), Azimut 230 (représentée par Charlotte GIORDANO), LPO IDF (représentée par Emmanuel DU CHERIMONT), Naturessonne (représentée Georges FOUILLEUX), SNPN (représentée par Marie-Odile GRANDCHAMP)
- poste transitoire dédié à la Fédération des Conservatoires d'espaces naturels : Christophe Lépine